피앤피뉴스 - [이영준 조세전문변호사의 세금과 법률] 2026년 부동산 세제 시행령 개정, 조정대상지역 일시적 2주택 3년→2년

‘2026년 부동산 세제 시행령 개정, 조정대상지역 일시적 2주택 3년→2년’





 

▲이영준 변호사

1. 개정 소개

소득세법 시행령 등 4개 시행령 일부개정령이 2026년 10월 1일 시행되었다. 이 글은 2026. 8. 3. 발표된 「2026년 세제개편안」의 후속 조치인 이번 개정 가운데 부동산 관련 내용을 정리하고, 이미 시행 중인 내용과 아직 국회 심의가 남은 내용을 구분하여 살펴본다.
정부는 2026. 9. 29. 제42회 국무회의에서 「소득세법 시행령」, 「법인세법 시행령」, 「종합부동산세법 시행령」, 「상속세 및 증여세법 시행령」 일부개정령안을 의결하였다. 개정의 방향은 부동산 관련 과세특례의 합리화이다. 조정대상지역 일시적 2주택 특례 기간을 3년에서 2년으로 줄이고, 조정대상지역 매입임대 아파트의 사실상 영구적인 특례에 기한을 두며, 상생임대 특례는 당초 일몰대로 종료하는 것이 골자이다.
시행령 개정은 국회 의결이 필요 없어 공포와 함께 효력이 생기지만, 세제개편안 가운데 법률 개정이 필요한 사항은 사정이 다르다. 아래에서 이를 나누어 본다. 

2. 시행 시기

시행령으로 정한 5개 사항은 이미 시행 중이고, 다주택자 중과 한시 완화 등 법률 개정이 필요한 사항은 국회 통과 전이다. 재정경제부가 2026. 9. 29. 공개한 자료는 이번 시행령 개정을 10월 1일 공포·시행으로 밝히고 있다.

3. 조정대상지역 일시적 2주택 특례, 3년에서 2년으로

종전 주택과 신규 주택이 모두 조정대상지역에 있는 일시적 2주택자는 이제 신규 주택 취득일부터 2년 안에 종전 주택을 양도하여야 1세대 1주택 특례를 받는다(소득세법 시행령 제155조 제1항 제1호). 둘 중 하나라도 조정대상지역이 아니라면 종전과 같이 3년이 유지된다(같은 항 제2호).
특례의 내용은 다음과 같다. 양도소득세는 양도가액 12억 원 이하분 비과세와 장기보유특별공제 우대(최대 80%)가 적용되고, 종합부동산세는 기본공제 12억 원과 고령자·장기보유 세액공제(최대 80%)가 적용된다. 기한을 넘기면 이 혜택이 한꺼번에 사라지므로 1년 단축의 실질 부담은 작지 않다.

적용 시기는 세목별로 다르다.
* 양도소득세 : 2026. 8. 4. 이후 신규 주택을 취득하고, 2026. 10. 1. 이후 종전 주택을 양도하는 경우부터 2년이 적용된다.
* 종합부동산세 : 2027. 6. 1. 과세기준일 분부터 2년이 적용된다.
* 경과조치 : 2026. 8. 3. 이전에 신규 주택을 취득하였거나 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 경우에는 종전 규정(3년)을 적용한다. 신규 주택 취득 후 그 지역이 조정대상지역으로 지정된 경우에도 지정 공고 전에 취득하였거나 계약금을 지급하였다면 3년이 유지된다.

취득세의 일시적 2주택 처분기한은 지방세법 시행령 제28조의5에서 따로 정한다. 지방세법 시행령 제28조의5도 2026. 9. 30. 개정으로 조정대상지역 일시적 2주택 처분기한이 2년으로 단축되었다.
실무에서는 8. 3.을 전후한 계약 시점의 증명이 가장 중요하다. 계약서와 계약금 이체 내역이 있어야 종전 규정의 적용을 주장할 수 있다.


4. 매입임대 아파트 중과배제, 2027년 말까지

조정대상지역 매입임대 아파트에 대한 다주택자 양도세 중과배제와 법인세 추가과세 배제는 원칙적으로 2027. 12. 31.까지 양도한 경우에만 적용된다. 그동안 이 특례는 등록이 말소된 뒤에도 기한 없이 이어졌다.

배경은 이렇다. 2020년 8월 민간임대주택에 관한 특별법 개정으로 장기(8년) 아파트 매입임대와 단기(4년) 매입임대 유형이 폐지되었고, 이 유형의 주택은 의무임대기간이 끝나면 등록이 자동 말소된다. 그런데 세제 혜택은 말소 이후에도 계속 남아 있었다. 이번 개정은 이를 기한부로 바꾼 것이다.

적용 대상은 ① 조정대상지역 소재, ② 매입임대(장기일반·단기), ③ 아파트로 한정된다. 조정대상지역의 비아파트, 조정대상지역 밖의 아파트, 건설임대와 공공지원 민간임대주택은 기존 특례가 유지된다.

원칙 기한에는 예외가 있다.
* 2027년 1월 1일 기준 의무임대기간이 끝나지 않은 주택은 등록말소일부터 1년까지
* 2027년 이후 새로 조정대상지역이 된 지역의 주택은 지정 공고일부터 1년까지
* 재건축·재개발이 진행 중인 주택은 이전고시일부터 1년이 되는 날까지(소규모 재건축·재개발 포함)
* 여러 경우에 해당하면 가장 늦은 날을 기준으로 한다.

임대사업자 본인의 거주주택 특례는 입법예고 의견을 반영하여 현행대로 유지된다. 매입임대 아파트를 보유한 사업자가 거주주택을 양도할 때 양도가액 12억 원 이하분 비과세와 장기보유특별공제 우대(최대 80%)는 등록말소일부터 5년간 적용된다(소득세법 시행령 제155조 제23항).
다만 세제개편안에 담긴 2028년 양도분 중과세율 절반 적용과 장기보유특별공제 우대율 인하(50%에서 30%)는 법률 개정 사항이다.


5. 상생임대 종료, 미분양 연장, 증여세 비과세

상생임대주택 특례는 당초 일몰일인 2026. 12. 31.에 종료되고, 이후에는 상생임대 임대기간 종료 후 1년 이내에 양도한 주택에 한하여 거주요건이 면제된다. 현재는 임대료 증가율을 5% 이내로 유지하며 2년간 상생임대를 하면 1세대 1주택 비과세와 장기보유특별공제를 위한 2년 거주요건을 면제한다.

경과조치는 두 갈래이다. 원칙적으로 상생임대 임대기간이 끝난 날부터 1년 이내(늦어도 2029. 12. 31.까지)에 양도한 주택에 거주요건 면제를 적용한다. 2026. 12. 31. 이전에 임대기간이 끝난 경우에는 2027. 12. 31.까지의 양도분에 적용한다.

반대로 비수도권 준공 후 미분양주택에 대한 세제지원은 1년 연장되어 2027. 12. 31.까지 적용된다. 연장 대상은 두 가지이다. 하나는 종합부동산세와 양도소득세 계산 시 주택 수에서 제외하는 특례이고, 다른 하나는 기업구조조정 부동산투자회사(CR리츠)가 취득한 비수도권 준공 후 미분양주택의 종합부동산세 합산배제와 법인세 추가과세 배제 특례이다.

끝으로 한미전략투자공사에 설치된 한미전략투자기금이 증여세 비과세 단체에 추가되어, 이 기금에 출연하는 금액에는 증여세가 부과되지 않는다.


6. 개정 내용 정리와 적용 예시

먼저 개정 전후를 비교하면 다음과 같다.

다음 사례는 이해를 돕기 위해 만든 가상 사례이다. 보유기간·거주기간 등 다른 요건은 모두 충족한 것으로 가정하였고, 기한은 단순 계산한 것이므로 실제 사안에서는 취득일(잔금청산일과 등기접수일 중 빠른 날) 기준으로 확정하여야 한다.

사례 1과 사례 2가 보여 주듯, 같은 날짜에 새 집을 사더라도 계약금을 낸 날이 8월 3일 이전인지 이후인지에 따라 처분기한이 1년 달라진다.


7. 판례 시사점(특례는 엄격하게 해석)

일시적 2주택 특례는 문언대로 엄격하게 해석된다는 점이 대법원 2025. 2. 13. 선고 2024두55426 판결로 확인되었다. 이 판결은 국내에 2주택을 소유한 1세대가 신규 주택을 취득하여 3주택이 되었다가 종전 주택 중 1주택을 처분하여 2주택이 된 경우에는 구 소득세법 시행령 제155조 제1항 제1호의 비과세 특례를 적용할 수 없다고 보았다. 이 규정은 국내에 1주택을 소유한 1세대가 신규 주택을 취득함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우를 전제로 한다는 것이다.

이 판결이 중요한 이유는, 납세자의 신뢰보호원칙 위반 주장이 받아들여지지 않았다는 점이다. 원심은 합법성의 원칙을 희생하면서까지 신뢰를 보호할 특별한 사정이 없다고 보았고, 대법원은 원심의 결론을 유지하였다.

이번 시행령 개정과 겹쳐 보면 시사점이 분명하다. 특례 기간이 짧아지고 해석은 엄격해지는 만큼, 보유 주택 수, 취득 순서, 조정대상지역 해당 여부, 계약일과 계약금 지급일 같은 요건 사실을 처음부터 갖추어 두어야 한다. 사후에 취지를 내세워 구제받기는 어렵다.


8. 평가 및 결론

이번 개정의 공통점은 기한 없던 특례에 기한을 두었다는 점이다. 조정대상지역에서 갈아타는 경우 처분 기한이 1년 줄었고, 조정대상지역 매입임대 아파트의 중과배제에는 2027년 말이라는 매각 시한이 생겼으며, 상생임대 거주요건 면제는 2026년 말로 끝난다. 반대로 비수도권 미분양주택 지원은 1년 연장되었다.

납세자가 확인할 사항은 다음과 같다.
* 일시적 2주택자: 신규 주택의 취득일, 계약일, 계약금 지급일이 2026. 8. 3. 이전인지, 신규 주택 취득 당시 종전 주택과 신규 주택이 모두 조정대상지역에 있었는지 확인하고, 계약서와 계약금 이체 증빙을 보관한다.
* 매입임대 아파트 보유 사업자: 등록말소일, 2027. 1. 1. 기준 의무임대기간 종료 여부, 재건축·재개발 이전고시 일정을 확인한다.
* 상생임대 이용자: 임대기간 종료일을 기준으로 양도 기한(종료 후 1년, 최대 2029. 12. 31.)을 확인한다.
* 법률 개정 사항: 2027~2028년 중과 한시 완화는 국회 통과 전이므로, 이를 전제로 양도 시기를 정하는 경우 입법 결과에 따라 세 부담이 달라질 수 있다.

이 글은 개정 내용을 일반적으로 설명한 것이고, 개별 사안은 취득 시기와 지역, 계약 사실관계에 따라 결론이 달라질 수 있다.
 

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